Авторска статия на Димитър Георгиев - Даков
Хидронимът Перперек произлиза от древния скален топоним в близост до реката. Името Перперек е идентично с тракийското име на скалния религиозен комплекс Перперикон в едноименната местност и се превежда семантично като "скален град в скалата", образуван от повторението на тракийската дума за скала - перк: перкперк, перперек. Същото име се прехвърля и върху близката река. Името на скалния град достига до наши дни чрез хидронима, ойконима и гръцкото име на феноменалния град - Перперикон. 
От контракцията на тракийското име Перперек възниква и името на сечените и добивани от околните златни мини златни византийски монети - перпери. Всичко това говори за голямата значимост на Перперикон в древността за икономическата и политическа мощ на Византия.
Перперек и Перперикон са сходни наименования с името на героя, покровител на скалите - Херос Перкос, който е почитан като божество в град Одесос наред с покровителя на градските порти - Херос Пропилайос.  
Река Перперек е един от малкото случаи, в които реката носи името на ойконима в съседна близост.